Il Vara come ogni altro fiume italiano è interessato da diverse forme di inquinamento più o meno intense. A cominciare da quelli urbani-organici a quelli dovuti alla viabilità e motorizzazione, alla centrale idroelettrica, alle captazioni idriche ad uso potabile ed irriguo, per finire con le continue opere di sistemazione degli alvei.
A questo possiamo aggiungere una recente forma di "inquinamento naturale" dovuta alla recente insolita presenza di troppi cormorani che è attualmente oggetto di studio.
Come risultato dell'azione congiunta di quanto detto abbiamo oggi un fiume che in sostanza ha ridotto al minimo le sue funzioni e capacità vitali che si possono riassumere nel modo seguente:
Tra i pesci siamo alla sussistenza con trote - anguille - cheppie - lamprede.